Родился 7 июня 1974 года в поселке Тасбугет Сырдаринского района Кзыл-Ординской области КазССР.

Женат, имеет сына.

В 1998 году окончил Московский государственный авиационный институт по специальности «Космические летательные аппараты и разгонные блоки».

С марта 1998 года начал трудовую деятельность в Управлении космодрома «Байконур» Национального аэрокосмического агентства Министерства науки – Академии наук РК в должности главного специалиста отдела по контролю условий эксплуатации объектов космодрома «Байконур» (г. Байконыр). В ноябре 1998 года назначен начальником данного отдела.

В 2005 году назначен начальником Управления космодрома «Байконур» Аэрокосмического комитета Министерства образования и науки Республики Казахстан.

В 2006 году назначен заместителем Председателя Аэрокосмического комитета Министерства образования и науки Республики Казахстан.

С 8 июня 2007 года по настоящее время работает в должности заместителя Председателя Национального космического агентства Республики Казахстан.

Во исполнения Указа Президента Республики Казахстан Н.Назарбаев от 6 августа 2014 года «О реформе системы государственного управления Республики Казахстан» Постановлением Правительства Республики Казахстан №933 от 14 августа 2014 года Национальное космическое агентство РК было преобразовано в Аэрокосмический комитет Министерства по инвестициям и развитию РК.

В связи с этим  Е.М. Шаймагамбетов освобожден от должности заместителя Главы Казкосмоса  и Приказом Министра по инвестициям и развитию А.Исекешева от 1 октября 2014 года №73-к он был назначен заместителем председателя Аэрокосмического комитета МИР РК.

Имеет награды: медаль «Ерен еңбегі үшін» (2005 г.); медаль «Қазақстан Тәуелсіздігіне 20 жыл» (2011 г.).